For gjennomføring av klinisk fagrevisjon settes det sammen et revisjonsteam bestående av revisjonsleder og fagrevisorer. Fagrevisorene er fagfolk som arbeider innenfor fagfeltet.
Der det finnes kunnskapsbaserte retningslinjer (internasjonale, nasjonale eller regionale), brukes disse i revisjonsgrunnlaget.
Revisjonsteamet enes om revisjonsgrunnlaget og utarbeider på grunnlag av dette kriterier man måler funnene i fagrevisjonen opp mot (revisjonskriterier).
Deretter går man gjennom pasientforløpene (som regel ved journalgjennomgang og intervjuer) for et gitt antall pasienter innenfor et gitt tidsrom og ser etter funn som viser god praksis/noe å lære av eller forbedringsmuligheter.
Det utarbeides rapport fra fagrevisjonen på hver enhet og til slutt en samlerapport når alle fagrevisjoner innen fagområdet er gjennomført. De deler av rapportene som inneholder individualiserende kjennetegn unntas offentlighet.